暖通空調系統主要通過對生產環境的空氣溫度、濕度、懸浮粒子、微生物等的控制和監測，確保環境參數符合質量要求，避免空氣污染和交叉污染的發生，同時為操作人員提供舒適的環境，也是潔凈室控制系統的重要組成部分。常見暖通空調系統劃分原則如下：

1、按不同潔凈等級或溫濕度要求劃分，不同等級的潔凈室或溫濕度對室內環境的要求不同，通常A、B級應和C、D級房間分系統設置。

2、非凈化系統、中效凈化系統、高效凈化系統要分開設置，因兩者阻力相差太大，合于一個系統，阻力難于平衡。

3、按不同的產品劃分，主要為避免各產品交叉污染，或對凈化空調的要求不同

4、單向流潔凈室與非單向流潔凈室應分開，因為換氣次數差別較大，合在一起送風溫差較大，采用再熱會消耗較大熱量，故宜分開設置。

5、按樓層、平面分區或工藝工段劃分，這樣可以允許有單獨運行部分生產工段，有利于節能。

6、有特殊要求或產生污染的環境要設獨立的空調系統，將高致敏性藥，避孕藥，疫苗，激素類、抗腫瘤類化學藥，強毒微生物藥，產生較多粉塵工段和其余工段分開等。

7、生產周期不同的須劃成不同系統，例如長時間生產工段和部分時間生產工段；或生產時間錯開；例如暫存儲藏區系統與生產區域分開。

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